Народилася вона в квітні 1848 р. в суворому Архангельському краї (с. Варзуга, Кольского повіту), в сім'ї дрібночинного державного службовця. Жили просто, якщо не сказати бідно. З раннього дитинства Олександра зазнала ціну напруженої праці — спочатку фізичної, а потім і розумової. В 1857 р. вона поступає до Архангельської жіночої гімназії, яку закінчує з відзнакою в 1863 р. З тієї пори починається її багаторічна педагогічна діяльність. Молода дівчина, яка мала допитливий розум та намагалась надати пояснень до явищ дійсності, що її оточувала (для чого існуючих книжок та навчальних посібників явно не вистачало), все більш заглиблюється у вивчання неопублікованих документів, знайомиться з представниками народностей Півночи, досліджує їхні побут та звичаї.

Невдовзі Олександра зустрілася з чоловіком, який став її дружиною та ще й вірним другом, однодумцем, вчителем. Це був Петро Савич Єфименко — засланий з України, в недавньому минулому — активний учасник Харківсько-Київського таємного товариства, потім — студент Московського університету. (Народник за своїми ідейними поглядами та етнограф за науковими інтересами, П.С.Єфименко відзначався великою працездатністю, широтою кругозору, добрим серцем, вмінням залучати до наукової праці здібних учнів та спрямовувати їхні зусилля в визначене русло. Особливо цінними були його бібліографічні вказівки та консультації в царині етнографії та украінської історії.) В 1870 р. молоді люди обвінчалися в холмогорскій церкві. Слабке здоров'я Петра Савича, постійне стеження поліцейських чинів, важкий матеріальний стан та інші лиха й негаразди переслідують молоду сім'ю, але, незважаючи ні на що, Олександра Яківна багато й наполегливо працює. В Архангельську вона вивчає архівні матеріали, досліджує місцеві наріччя, продовжує знайомство із звичаями народностей Півночи. В «Архангельских губернских ведомостях», в інших газетах та журналах друкуються її статті, в яких вона заявляє про себе як про талановитого вченого, здатного не тільки накопичувати архівний матеріал, але й узагальнювати, аналізувати його, робити самостійні висновки. Появлення нового імені не лишилося непомітним в науковому та громадському середовищі. В пресі публікуються перші відгуки та рецензії на праці О.Я.Єфименко, де її внесок до розробки історії корінних північних народностей отримує високу оцінку.

Гостинна оселя подружжя Єфименків стала місцем, де збирались та обговорювали важливі наукові проблеми й питання громадського життя численні представники харківської інтелігенції. Про гостинність хазяїв свідчать спогади, записи їхніх сучасників. Звичайно, цими зібраннями не обмежувалася сфера активної громадської діяльності Олександри Яківни. В Харкові вона виступала перед великими аудіторіями з лекціями про життя і творчість Т.Г.Шевченка, І.П.Котляревського, Г.С.Сковороди, як і раніше, надавала допомогу в науковій роботі свойому чоловікові, який активно співпрацював з кількома харківськими періодичними виданнями. Показовою реакцією О.Я.Єфименко на політику царизму в національному питанні стала її стаття «По поводу украинофильства», що була опублікована в 1881 р. в журналі «Неделя». Автор рішуче виступила на захист прогресивних представників української інтелігенції, оскільки українофільство «всегда было протестом жизни против излишней государственной регламентации, протестом местной и областной самобытности против... обезличивающей централизации» (Ефименко А.Я. По поводу украинофилъства // Южная Русь: Очерки, исследования и заметки. СПб., 1905. Т. 2. С. 295). Появлення цієї статті чи навряд можна вважати випадковістю. Ще напочатку 1881 р. в журналі «Слово» була опублікована стаття О.Я. «Малорусский язык в народной школе», в якій декларувався тезіс про необхідність викладати в українських школах на рідній мові, «очистить этот простой, чисто педагогический, вопрос от той грязи, которою его закидали в последние годы до потери всякого образа и подобия». Цілком природньо, що сміливі думки О.Я.Єфименко про розповсюдження сфери застосування української мови, її підтримка української інтелігенції викликали гнівну реакцію з боку шовіністично настроєних видавників, професорів, міністерських чиновників.

Але, незважаючи на всі напади та інсінуації недоброхотів, саме в 80—90-і роки найбільш яскраво проявився самобутній науковий талант О.Я.Єфименко. Своїм вчителем в досліджуванні історії України Олександра Яківна завжди вважала Володимира Боніфатійовича Антоновича, вона відзначала в прекрасному исторіографічному нарисі «Литературные силы провинции», що В. Б. Антонович «в современной малорусской исторической литературе... своими исследованиями занимает, несомненно, первое место... В исследованиях г. Антоновича всегда сохраняется полное равновесие и гармония между идеей и фактом. Он никогда не даёт вам никакой готовой идеи, не открывает никаких горизонтов, ничего не предпосылает своему исследованию, кроме необходимых исторических сведений... Но голые факты под искусной рукой историка укладываются в такой ясной перспективе, так логично и стройно, что идея явления вырисовывается перед вами с самой отчётливой наглядностью. Поэтому, несмотря на видимую сухость изложения, на полное отсутствие со стороны автора стараний заинтересовать читателя, подействовать на его фантазию, чувство,— исследования г. Антоновича читаются очень легко и при той рельефности, какая дается искусной группировкой фактов, несмотря на свою сухость, могут действовать и на чувство, и на воображение».

В цитуємому нарисі Олександра Яківна дала орігінальні характеристики і інших українських істориків: М.А.Максимовича — чоловіка «больших знаний и научной добросовестности», який, однак, «часто не видит леса из-за деревьев своей учёности»; П.А.Куліша, який, «наоборот, слишком третирует деревья, гоняясь за образом того фантастического леса, который создает ему его настроенная на предвзятый лад фантазия, так что его сочинения, изобилующие новыми фактами, добываемыми им из малоизвестных в России польских источников, и нередко поражающие свежей, оригинальной мыслью, теряют через слишком произвольные приёмы автора значительную долю научного значения»; М.І.Костомарова, котрий «больше преследует цели хорошего рассказчика явлений». Певно, О.Я.Єфименко глибоко вивчила праці, творчі прийоми та манеру писання ціх найпровідніших українських істориків XIX ст. перед тим, як виносити на суд читачів свої оцінки. В контексті зауважень, висловлених в нарисі, Олександра Яківна прагнула виробити власний погляд на історичний процес в Україні, зробити посильний внесок до нової для неї галузі дослідження.

Як кожний поважаючий себе вчений, досліджування історії Украіни О.Я.Єфименко починає з глибокого вивчання джерел: вона провела студіювання, з численними виписками, збірників документів «Архив Юго-Западной России», «Акты Южной и Западной России», «Акты Виленской археографической комиссии», «Труды этнографическо-статистической экспедиции в западно-русский край». В купі з архівними матеріалами й творчим наслідком українських істориків ці публікації стають для О.Я.Єфименко надійною підпомогою під час написання нею статей та значних узагальнюючих монографій з історії Украіни. На відміну від своїх попередників (та й сучасників), О.Я. не обмежувалася «вузькою» тематикою. Диапазон її творчих інтересів був надзвичайно широкий і свідчив про великі потенціальні можливості автора. Протягом 80—90-х років в журналі «Киевская старина» Олександра Яківна опубліковала більшість своїх праць, завдяки котрим заповнилися численні яскраві та водночас малодосліджені сторінки історії укранського народу. Чимало наукових розробок О.Я.Єфименко було розміщено також на сторінках журналів «Слово», «Детское чтение», «Неделя», «Русская мысль», «Вестник Европы» та інших.

Вже перша робота «Из истории борьбы малорусского народа с поляками», яка була присвячена гайдамацькому руху, свідчила: на науковому горизонті України з'явився дослідник, здатний по-новому осмислити це складне питання. Критичний підхід до архівних документів та мемуарної літератури надав Єфименко змоги вірно визначити селянство як основну соціальну силу гайдаматчини, розкрити причини поразок гайдамацьких повстань. Олександра Яківна підкреслювала в своїй статті, що «без участия запорожского казачества гайдаматчина не была бы возможна, по крайней мере в той форме более или менее правильного движения, которая так для неё характерна».

В подальші роки журнал «Киевская старина» опублікував такі роботы О.Я.Єфименко як:

• «Копные суды в Левобережной Украине» (1888),
• «Архиерейский подарок» (1888),
• «Два наместника» (1889),
• «Двенадцать пунктов Вельяминова» (1889),
• «Бедствия евреев в Южной Руси XIX века» (1889),
• «Турбаевская катастрофа» (1891),
• «Очерки истории Правобережной Украины» (1894—1895) та низку інших.

Залежно від предмету конкретного історичного дослідження автор торкалася багатьох важливих проблем суспільно-політичного життя українських земель феодального періоду, аналізуючи централізаторську політику царизму на Лівобережній та Слобідскій Україні, розкриваючи соціальну спрямованість діяльності судових органів того часу, освітлюючи становище селян-кріпаків і т. п. Як правило, її висновки є добре аргументованими і свідчать про глибоке розуміння суті відбувавшихся в той час подій. «Просто это дело об ищущей свободы девке,— писала она, например, в статье «Архиерейский подарок»,— но в нём, как солнце в малой капле воды, отражаются кое-какие характерные черты эпохи. Перед нами представители высшей духовной иерархии, интеллигентные люди своего времени, которые не гнушаются тем не менее дарить и принимать в дар живого человека, беззастенчиво отрывая его от родины, родных, всех привычных условий жизни... Перед нами судебно-административные учреждения того дореформенного типа, который являлся представителем идеи, что не учреждения существуют для общества, а общество для них, для наполнения бесконечно глубоких карманов их служителей».

В восьмому номері журнала «Вестник Европы» за 1891 р. вийшла з друку робота Єфименко «Малорусское дворянство и его судьба», яка відразу ж привернула увагу широкого кола досліджувачів. Вперше після А.М.Лазаревського Олександра Яківна спробувала розкрити в українській історіографії витоки й генезіс формування дворянського стану. На її думку, процес переродження козацької старшини в дворянство після Визволительної війни під керівництвом Богдана Хмельницького був не випадковим, а закономірним, об'єктивно обумовленим явищем, адекватно відзеркалюючим соціально-экономічні реалії того часу — невситиму жадобу до збагачення, захват земельних угідь, «переверстування» вільних козаків у залежних селян: «Насилие, захват, обман, вымогательство, взяточничество — вот содержание того волшебного котла, в котором перекипала более удачливая часть казачества, превращаясь в благородное дворянство» (Ефименко А. Я. Малорусское дворянство и его судьба // Южная Русь— Т. 1. С. 162). Козацька старшина використовувала для досягнення своєї мети вигідні адміністративні посади, судові важелі влади і т. п. Тому не викликає особливого подиву той факт, що, за словами О.Я., «первый ком снега вырос в снежную гору, задавившую все посполитские вольности. Тоненькая ниточка зависимости, первоначально связывавшая пана с посполитым, обратилась в мёртвую петлю».

Олександра Яківна уявляла, що в своїх попередніх працях вона реконструювала тільки один аспект історичного процесу, і тому стала приділяти більш пильної уваги вивчанню історії класової боротьби селянсько-козацьких мас Лівобережної України. Так появилася вже згадана раніш стаття «Турбаевская катастрофа», що була присвячена повстанню селян 1789—1793 рр., котре спалахнуло на Полтавщині проти поміщиків Базилевських. Скористувавшись широкою джерельною базою (Д.І. Багалій не випадково вказував на цю працю як на взірець «блискучого використання архівних матеріалів»), О.Я.Єфименко зуміла вірно розкрити причини, характер та соціальну спрямованість повстання, певні протиріччя в повстанському таборі, які свідчили про нові тенденції у селянському та козацькому середовищі. Написаний жваво та емоційно, історичний нарис про Турбаї відзначався також свіжим поглядом на численні інші історичні питання.

В середині 90-х років О.Я.Єфименко продовжує активно працювати над історією України. В 1894—1895 рр., як ми вже відзначали, журнал «Киевская старина» опублікував її велику працю «Очерки истории Правобережной Украины», де в узагальненій популярній формі викладено головні віхи історичного минулого одного з найкрупніших регіонів українських земель — Правобережжя. Акт Люблінської унії 1569 р., розвиток козацького стану, боротьба народних мас проти польсько-шляхетського гноблення наприкінці XVII — у XVIII ст., гайдамацький рух та інші питання — все це знайшло відбиток у книзі. Вже в той час О.Я.Єфименко заявила про себе як про визначного знавця історії братств на Україні, народного суду та ін. (Ефименко А. Я. Церковные братства в Южной Руси / / Харьковский календарь. 1883; Её же. Копные суды в Левобережной Украине // Киев, старина. 1885. № 10; Её же. Народный суд в Западной Руси // Рус. Мысль. 1893. Кн. 8—9). Важливо підкреслити й те, що в реконструкції питання про функціонування судових органів автор не обмежувалась вітчизняною документальною базою, а широко використовувала також праці з історії німецького, польського й чеського права (Багалій Д.I. Олександра Яковлевна Єфименкова (1848— 1918) II Записки історично-філологічного відділу Української Академії наук. К, 1919. Кн. 1. С. 111).

В цей же період О.Я.Єфименко знов повертається до вивчання стародавніх форм селянського землеволодіння, але вже на матеріалах України. В 1892 р. вона публикує монографію «Дворищное землевладение в Южной Руси», де на основі розробленої та застосованої в своїх більш ранніх дослідженнях методології показує, що в XIV — XVI ст. на українських землях селянське землеволодіння формувалося головним чином за рахунок так званої «займанщини». Порівнюючи фактичний матеріал, автор прийшла до висновку, що в цій сфері аграрних відносин існувало багато спільного з аналогічними процесами, які відбувалися на Півночі Росії, і, таким чином, можна говорити про єдині тенденції соціально-економічного розвитку в регіонах, які суттєво відрізнялися один від одного.

Під час перебування у Харкові Олександра Яківна не обмежує свою наукову діяльність тільки підготовкою та публікацією книжок, статей, нотаток, а бере саму діяльну участь в усіх наукових заходах, відбувавшихся в той період в Росії. Починаючи з 1884 р. (коли в Одесі відбувся IV археологічний з'їзд), вона провадить активну роботу на авторітетних форумах російських істориків, археологів, етнографів: готує доповіді, бере участь в загальнонаукових дискусіях та обговорюваннях виступів своїх колег і т. п. В домі подружжя Єфименків, як і раніше, можна часто зустріти відомих людей — істориків, філософів, літературознавців. За спогадами академіка Д.І.Багалія, «харьковская жизнь семьи Ефименко была очень простой, начиная с помещения и кончая мебелью (и теперь припоминаю скрипящий диван в их комнате), одеждой (волчья шуба П.С.Ефименко). Но эти квартиры, в которых проживали Александра Яковлевна и Петр Саввич, привлекали к себе всех, кто имел наслаждение познакомиться с ними. Из близких знакомых А.Я.Ефименко могу напомнить о Борисе Григорьевиче Столпнере, своеобразном еврее-философе, автодидакте, самоуке, что был близок Александре Яковлевне своими философскими взглядами, которыми увлекалась и она. П.С.Ефименко принимал участие в харьковской громаде того времени, в которую входили ранних шестидесятых годов и знаменитый А.А.Потебня, а в мое время — ...исследователь старозаимочного землевладения А.Л.Шиманов, Микола Федорович Сумцов, Я.С.Станиславский, я и другие».

Однак не лише самі творчі вдачі супроводжували О.Я. на її життєвому шляху. Продовжував хворіти Петро Савич. Проте він, не в змозі працювати сам, підбирав матеріали для праць жінки, ефективно допомагав їй. Невдовзі доля завдала багатодітній сім'ї Єфименків ще одного удару: після важкого захворювання сконали доньки Петра Савича і Олександри Яківни — Віра і Олександра. Важким залишалось матеріальне становище,— адже, по суті, єдиним хлібодаром сім'ї була Олександра Яківна. Та все ж вона продовжувала наполегливо й багато працювати: вивчала історіографічну спадщину і документи, створювала популярні історичні нариси, котрі протягом 1901—1902 рр. були опубліковані в Москві. Революційні події 1905—1907 рр. в Росії О.Я.Єфименко сприйняла із співчуттям. Як згадував Г.Хоткевич, в домі на Чернишевській, де тоді мешкали Єфименки, часто вкривалися революційно настроєні молоді люди. Більш того, в роботі підпільних студентських гуртків активно брав участь молодший син П.С. та О.Я.Єфименків — Петро, згодом - відомий радянський археолог, академік АН УРСР.

В 1908 р. сім'я Єфименків зазнала нового нещастя — помер Петро Савич... В Петербурзі він продовжував тяжко хворіти, часто знепритомнював, Олександрі Яківні нерідко доводилось приходити на заняття після безсонної ночі, проте проводила вона їх з незмінною досконалістю. Після того, як чоловік пішов з життя,  О.Я. тяжко переживала втрату, і тільки в роботі знаходила втіху. З невичерпною енергією продовжує вона свою викладацьку діяльність, підтримує близькі контакти з багатьма слухачками курсів, виступає ініціатором створення на Бестужевських курсах українських гуртка й бібліотеки, часто организовує лекції й зустрічи з цікавими людьми. Водночас вона продовжувала активну науково-дослідницьку діяльність, полягаючи своє головне завдання в підготовці підручника з історії для народних училищ та середніх учбових закладів (в різних варіантах написаний нею підручник виходив у світ в 1912—1914 рр.).

Визнанням видатних заслуг О.Я.Єфименко перед історичною наукою стали присвоєння їй в 1910 р. Харківським університетом (за клопотанням Вищих Бестужевських жіночих курсів) вченого ступеня доктора історії та обрання на професорську посаду. В тому ж році відбулося вшанування вченого в зв'язку із 40-річчям її наукової діяльності. У своїх виступах на святкуванні колеги, друзі, ученики та послідовники відзначали досягнення О.Я.Єфименко в освітленні найголовніших питань історичного минулого російського та українського народів, високо відзивалися про її особисті якості — скромність, стриманість, велику працелюбність, широту інтересів.

На Вищих Бестужевських жіночих курсах О.Я.Єфименко працювала протягом ще кількох років, а в грудні 1917 р. разом з донькою Тетяною вона вирушає до України і невдовзі оселяється на хуторі Любочка Вовчанського повіту, на Харківшині. Брали своє прожиті роки, здоров'я було підорваним матеріальними прикрощами, проте, незважаючи на хворобу, Олександра Яківна продовжує багато й напружено працювати, сосереджуючи увагу на створенні підручника з історії для середніх і початкових шкіл, а також на написанні популярних нарисів для широких верств народу. В лютому 1918 р. О.Я.Єфименко направила рукопис своєї нової праці до Д.І.Багалія, виклавши в супроводжувальному листі головні методичні принципи, яких вона дотримувалася в процесі створення підручника — популярність, доступність, подання знань з історії краю на тлі історії України та країни в цілому. Учбові посібники О.Я.Єфименко були опубліковані в Харкові в 1919 р. (Єфименко О.Я. Початковий підручник українсько-московсъкої історії для шкіл народних; Ефименко А.Я. Начальное руководство по украинской и великорусской (русской) истории).

В той самий час Олександра Яківна зав'язує інтенсивне листування з редакцією журналу «Внешкольное образование», наполягаючи на необхідності приділяти більш уваги до вивчання історії, причому «найтіснішим чином» ув'язувати історичний досвід з процесами та явищами, що спричинялися революційними подіями. «...Украиноведение в данный момент,— указывала она,— есть неотложная, острая потребность, настоящий духовный голод украинской жизни. В ряду пунктов программы этого украиноведения украинская история занимает необходимо одно из виднейших мест... Всюду и всеми отдается исключительное внимание украинской истории. Но надо сказать правду — без сорома казка,— что подданные вновь народившейся державы совершенно не знают своей истории. Не знают до анекдотического и не только народные массы, а и украинские интеллигенты. Да и как бы оно могло быть иначе. Ведь весь этот верхний культурный слой украинской народности приобрёл свое образование в средней или высшей русской школе. С украинской историей приходилось знакомиться по учебникам русской истории, тщательно профильтрованным Учёным комитетом Министерства] Нар [одного] Пр [освещения]. В этих учебниках учащиеся находили и украинскую историю: в кратких — по несколько десятков строк, в пространных — по несколько страниц. Из этих строк и страниц учащиеся узнавали о Люблинской и Брестской униях, о казаках и Богдане Хмельницком, как воссоединителе, об измене Мазепы, реформах Екатерины — и всё... И вот на таком-то утлом фундаменте приходится наспех создавать широкое ознакомление населения с его родной историей...» Підготовкою нових підручників О.Я.Єфименко саме прагнула зробити свій внесок до справи «широкого ознайомления» українських трудівників з якомога більш повно освітленими та нефальсіфікованими подіями минулого.

Діяльна натура О.Я.Єфименко була сповнена нових планів і творчих задумів,— роки та рецидиви захворювання, що час від часу повторювались, не паралізували її енергію. Однак цім планам не судилося бути здійсненими. Події громадянської війни не обійшли стороною і далекий хутор на Харківщині. В ніч з 17 на 18 грудня 1918 р. на хутор напали бандити, які звіряче вбили Олександру Яківну разом із донькою. На високій ноті обірвалося життя видатного історика, етнографа, педагога... Щоб повніш відчути тяжкість цієї втрати для вітчизняної науки, пригадаємо ту характеристику професійних та особистих якостей О.Я.Єфименко, що її надав академік Д.І.Багалій: «Александра Яковлевна была человеком с необычайно развитым умом, с выдающимися способностями к анализу и синтезу, с блестящим, ярким, художественно-историческим талантом изложения, с высокими мыслями и наклонностями в сторону философии, с кристально чистыми душой и сердцем, с чрезвычайно повышенной этикой и постоянным поиском правды и добра, составлявших для нее основу исторических событий. Она не находилась на почве теории исторического материализма и руководствовалась народническим подходом к историческим явлениям, однако, изучая экономику и социальные отношения, предоставила много данных и для современного марксистского освещения украинского и русского исторического процесса. Всю свою жизнь она посвятила своим родным народам — русскому, из которого сама вышла, и украинскому, с которым почти слилась, и память о ней сохранят, я уверен, длительное время оба эти народа» (Багалій Д.I.Харківсъка доба діяльності Олександри Яковлевни Єфименкової (1879—1906). С. 15).

В основу книги Єфименко були покладені такі методологічні принципи як пріорітет внутрішньої історії над зовнішньою, зіставлення історичного розвитку різних віт східного слов'янства, застосування методу порівняно-історичного анализу. Олександра Яківна особо підкреслювала, що вона прагне до об'єктивних, виважених оцінок і характеристик історичного процесу в Україні: «Как в житейской практике, так и в литературе и науке существуют некоторые предрассудки, пускающие часто глубокие корни в общественном самосознании. К числу таких предрассудков принадлежит недоверие к беспристрастию южнорусских историков и писателей вообще, наклонность рассматривать их труды под углом зрения предполагаемой национальной исключительности, односторонних местных пристрастий. Здесь не место вдаваться в критику этих предрассудков. Скажу лишь, что автор настоящего труда, посвященного южнорусской истории, как по своему великорусскому происхождению, так и по симпатиям, обнаруженным в изучении севернорусского юридического фольклора, должен стоять вне подозрений в южнорусском национальном субъективизме».

Книга О.Я.Єфименко є структурованою в традиціях характерного для другої половини XIX ст. членування матеріалу. Перша глава присвячена доісторичній добі та слов'янським племенам, які населяли Україну в давні часи, друга й третя — історії Київської Русі та періоду феодальної роздрібленості, четверта й п'ята глави — положенню українських земель в складі Великого князівства Литовського й шляхетської Польщі, шоста й сьома — характеризує часи «хмельнитчини», так званої «руїни» й реконструкції ходу розвитку українських земель в XVIII ст., і, нарешті, восьма глава — положенню на Україні в XIX ст. Основну увагу автор сосереджує на розкритті найважливіших віх історичного процесу на українських землях з найдавніших часів і до середини XIX ст. Тепер можна оспорювати частково або навіть повністю принципи, які були покладені в основу авторської періодізації історії, термінологию, назви окремих глав, але головне достоїнство книжки — в систематичному, послідовному викладенні матеріалу в межах певних історичних періодів, в доступній науково-популярній формі освітлення найскладніших питань економічного розвитку, хитроплетива політичних подій, ключових проблем етнокультурної ситуації на Україні.

В 1990 році "История украинского народа" О.Я.Єфименко знов побачила світ завдяки київському видавництву "Либідь" (в бібліотечній серії "Памятники исторической мысли Украины").